事，任广东副总兵署总兵事，戴罪立功，同时嘉靖派黄锦询问朱载坖有关备倭之策，毕竟朱载坖之前去过东南，对于东南的情况还算了解，而且戚继光等人也是朱载坖推荐的，应该能够有一些策略。

朱载坖也将自己的想法通过黄锦告知了嘉靖，朱载坖认为现在的东南诸将，才足以平倭，兵足以制寇，但是在陆地上，官军始终是被倭寇牵着鼻子走，处处落于被动，要想彻底禁绝倭寇，还是要以水师歼敌于海上，同时充分利用王直来剿灭倭寇，朱载坖还是推荐戚继光镇守浙直。

嘉靖得知朱载坖的建议之后，随即下诏，升镇守南直隶总兵署都指挥佥事戚继光为署都督佥事充总兵官镇守浙直，命南京中军都督府佥书署都督佥事李琦提督南京内外巡捕，充协同守备南京，加强南京守备，嘉靖实在是担心再来一次倭寇南京，嘉靖的脸面实在是禁不起这么折腾。

至于和王直交涉，利用王直来剿除倭寇一事，嘉靖以密旨的形式准允朱载坖便宜行事，和王直交涉此事，朱载坖得旨之后，随即赶赴天津，才不想参与京师这些破事，这些事情就留给徐阁老操心吧。

嘉靖同时还令戚继光、胡宗宪等人就水师一事各陈己见，他们也都认为兴建水师，御倭于国门之外才是备倭的第一要务。

故而嘉靖再次命内阁、户部筹措银两，打造战船，徐阶等人到处筹措，从兵部裁减驿递支应银通计三万余两加上工部节慎库工料银二万两，发南直隶修造战船，嘉靖也发内帑八万两，共计十三万两，用于浙直水师修造战船。