克汗国首领杨吉尔汗阵亡在战场上。杨吉尔汗死后，哈萨克汗国内部陷入四分五裂的境地，从此再也无法对准噶尔汗国构成威胁。1653年，巴图尔珲台吉去世，准噶尔汗国内部也爆发了争夺继承权的内讧，准哈战争进入休战阶段。1680年，杨吉尔汗之子头克汗成为哈萨克汗国新的首领，头克汗上位后，着手加强汗王的权力和地位，陆续削平反对势力，哈萨克汗国重新恢复安定与统一。

几乎同一时间，准噶尔第三任首领噶尔丹上台，噶尔丹雄才大略，有着恢复蒙古帝国荣光的梦想，噶尔丹深知要想与东方的大秦帝国抗衡，必须解除西面的后顾之忧。

于是，噶尔丹连续两次发动攻打哈萨克汗国的战争，准军攻破哈萨克汗国重镇赛里木城，并将七河流域和锡尔河中上游地区纳入准噶尔汗国版图，准噶尔汗国的实力得到极大的增强。

噶尔丹在削弱了哈萨克汗国的实力后，遂开始对大秦发起挑衅，结果却一脚踢到了“铁板”，被秦军在漠北、科布多、北庭连续击败，不仅被隔断了喀尔喀蒙古之间的联系，还丢了天山北麓大片水草丰美的领地，被秦军以堡垒和优势兵力给压至伊犁河谷，噶尔丹本人也在连番打击后抑郁而终，准噶尔崛起的道路遇到了严重的挫折。

噶尔丹死后，哈萨克头克汗趁机重新“收复”了赛里木、塔什干等地，这也是准哈战争中，哈萨克汗国鲜有的胜利。

但是好景不长，1718年，头克汗去世，哈萨克汗国内部再次内乱。新任准噶尔汗国大汗策妄阿拉布坦率军再次夺取赛里木、塔什干，一路打到塔拉斯河流域。而后，准军又攻入哈萨克汗国核心区域的锡尔河流域，是为哈萨克历史上的“大灾难时期”。

经此一战，哈萨克汗国被彻底打服，乖乖地向准噶尔汗国称臣纳贡。

然而，这还不算是哈萨克汗国最为悲惨的时候。

1727年，大秦北庭都护府大都督岳钟琪趁着准噶尔内部夺位大乱之际，率兵奇袭伊犁，给予准噶尔沉重一击，不仅攻占其王城，而且还俘斩万余帐，准噶尔新任大汗噶尔丹策零率残部狼狈逃往伊塞克草原。是年春夏之际，秦军万余步骑出伊犁河谷，再攻准噶尔，噶尔丹策零不敌，往奔巴尔喀什湖。

而准噶尔本着东边损失，西边补的原则，在巴尔喀什湖稍稍站稳脚跟后，噶尔丹策零从额尔齐斯河流域抽调了大量兵力，于1728年8月，对塔拉斯河谷的哈萨克人发动了突然袭击。毫无准备的哈萨克人不得不舍弃牲畜、毡房和衣物四散弃逃，来不及逃走的，或被杀，或被俘，损失惨重。

次年九月，准噶尔人为了解除后顾之忧，出兵再攻哈萨克，先后夺占土尔克斯坦（哈萨克王廷驻地）和塔什干，击溃并征服了中玉兹，并将大玉兹的一部分也收入囊中。

那些不愿向准噶尔汗国“表示臣服”的哈萨克部族，不得不向西迁移，中玉兹的一部分移往撒马儿罕，小玉兹转移到了希瓦和布哈拉以及大秦控制区，大玉兹的残部则游牧到了忽毡——他们占据了威海、里海、乌拉尔河之间的所有草原，并在西伯利亚引起了新的部族骚动。

在这样的大背景下，原本“互不统属”的三玉兹决定团结起来，共同反击准噶尔汗国。

1730年，哈萨克人在萨雷苏河中游偏西的布雷塔河岸，击败了准噶尔军队；次年，他们又趁准噶尔与秦军战事正酣之际，在巴尔喀什以西南重创准噶尔军队，斩首一千五百余，阵斩噶尔丹策零之子夏尔希，并重新夺回了土尔克斯坦和塔什干，还前出恒罗斯（今哈萨克塔拉兹市），威胁准噶尔后路。

不过，当哈萨克人闻知准噶尔人在莫因特岭大败秦军后，吓得又缩回了锡尔河谷，尽弃塔拉斯之地，并且坚壁清野，准备应对准噶尔人的报复。

所幸，秦军重新调换了西域统帅，继续对准噶尔实施压迫性打击，修城筑寨，迁移汉民，并不断派出小股精锐骑兵袭杀准噶尔部民，使得准噶尔人无暇抽身报复，让哈萨克人暂时逃过一劫。